Церковь Сатаны была основана Антоном Шандором ЛаВеем 30 апреля 1966 г. в Сан-Франциско. Ее созданию предшествовала большая работа ЛаВея по изучению магических техник средневековья и Нового времени, их адаптации к современным условиям. Этим будущий основатель Церкви Сатаны занимался вместе со своими друзьями-оккультистами из "Магического круга", который собирался в его доме в конце 50-х — начале 60-х годов XX в. По замыслу ЛаВея, Церковь Сатаны должна была стать религиозной организацией принципиально нового типа — без веры, поклонения и догматов. Церковь Сатаны явилась первой официально действующей организацией сатанистов. Верховным жрецом новой Церкви стал сам Антон ЛаВей, делами организации заведовал Совет Девяти.

Церковь Сатаны сразу же привлекла внимание падких до сенсаций журналистов из многих стран мира. Поначалу ЛаВей пользовался такой возможностью создать своей организации бесплатную рекламу — приглашал журналистов на ритуалы, давал интервью. Но потом шоу для любителей сенсаций были прекращены, и Церковь Сатаны занялась серьезной работой.

В 1970 г. внутри Церкви было создано магическое общество — Орден Трапеции. Орден занимается магическими исследованиями, а также безопасностью Церкви Сатаны. Из числа членов Ордена Трапеции назначается руководство Церкви.

Численность организации ЛаВея росла, и в 1972 г. в ней были созданы региональные отделения — так называемые гроты. Теперь все мероприятия Церкви Сатаны на местах организуют Мастера гротов, они же поддерживают контакт с высшим руководством.

Церковь Сатаны своей деятельностью опровергала слухи о домыслы о сатанистах, но это происходило не сразу. В ее ряды зачастую (особенно в первые годы) стремились различные дьяволопоклонники и просто желающие поучаствовать в черных мессах и оргиях. В 1975 г. Антон ЛаВей провел чистку своей организации от таких субъектов. Это вызвало недовольство многих членов Церкви Сатаны, и группа под руководствам Майкла Аквино вышла из Церкви и основала свою организацию — Храм Сета, которая возродила культ египетского бога Сета, отождествляя его с Сатаной.

В 80-е годы Церковь Сатаны активно расширяла свою деятельность, открывая гроты в различных странах мира. Книги ЛаВея издавались на многих языках, возникали другие сатанистские организации, основывающиеся на философии ЛаВея.

После смерти ЛаВея в 1997 г. Верховной жрицей Церкви Сатаны стала Бланш Бартон. Недавно, весной 2001 г. новым Верховным жрецом Церкви Сатаны стал Петер Гилмор, при этом Бартон сохранила пост Верховной жрицы, и теперь руководство организацией они осуществляют совместно.

Данные о численности Церкви Сатаны не разглашаются, но, по некоторым оценкам, сейчас она насчитывает около миллиона членов, приблизительно 20000 из которых американцы. Официальные представительства Церкви Сатаны расположены в 32 странах мира. Церковь Сатаны неоднократно предпринимала попытки открыть представительство и в России, но они натолкнулись на бюрократические препятствия. Хотя никаких законных оснований для отказа в регистрации Церкви Сатаны в России нет.